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除了佛山之外，其他各市都是由原明国的“府”直接转化过来的，除了附郭县之外，大多存在管辖面积过大的问题。所在核心区的治理大多只集中在附郭县亦即府城的范围之内，视情况再在其他所辖县推广。也就是说广州特别市虽然是核心区，但是实际推行“深度治理”的只有南海、番禺、三水这三个县。其他核心治理区亦类似。
在这五个核心区之外，两广的重要地区交通枢纽、商业中心和新建的工矿业中心，亦将作为“深度治理”的对象。这些地区在总体原则上把握“宜少不宜多”，“所管辖地区最大不超过一个县。”
在干部委任上，归化民干部配置的比例将按照心区、绥靖区和治安区逐层减少。在机构和社会改革上的力度也逐次缩小。加大了对“留用人员”的认定使用范围。原本当地的明国地方官员投降的，只要官声考绩尚可的，均可异地调用。对一些治理困难，情况复杂地区，原任官员有较为突出的治理业绩的，经过考察后可以原地留用原职。
清理田亩，推进新税制的工作将只限于核心区，绥靖区和治安区按照过去明国的税赋额度进行征收。
对原本的社会改造，新方案的调门降低了不少。基本确定只在核心区推行。
绥靖区和治安区的措词是“改良”，只明确对“CHANGJI”“乞丐”和“牙行”进行全面改造整顿。过去十分排斥的宗族，措词的调门也大幅度下降了，明确提到，在绥靖区和治安区“禁止宗族对司法和行政的干涉，逐步消除宗族影响”，删去了原本重点提到的“重点打击、逐步消灭宗族势力”的语句。
这一做法毫无例外的在元老院内部引起了争论，不过争论不算太激烈。因为过去他们宗族的势力和作用了解的有限，在解决海南岛当地宗族上太过容易，难免产生了轻视的念头。但是这几个月来广东的现实给他们深刻的教训。宗族势力不但有非常广泛的社会基础，代行着许多官府无法照管到的社会服务工作，更要紧的是，在许多汉瑶杂处，治安紊乱的地区，宗族还是重要的社会稳定器。
