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但团藏却安排兜与野乃宇自相残杀,自从误杀野乃宇后,兜就认为自己失去了生存意义,与此同时,大蛇丸找到了兜,邀请兜加入音隐村,自此之后便当了大蛇丸的手下。
大蛇丸被十拳剑封印后,兜为了寻找真实的自己而去模仿大蛇丸的生存道路,获得了大蛇丸及其部下的能力,还靠自己在龙地洞修炼了仙人模式,并扬言利用他人来伪装自己,探索世界的真理。
之后的修炼中,兜完全掌控了与大蛇丸形式相近的力量,身躯似乎已经和蛇的形态产生融合,以至于外貌像大蛇丸。
他在泷隐村杀人取尸体后和带土对峙时,自称已经超越二代火影和大蛇丸,将宇智波鼬、蝎、迪达拉、角都和长门秽土转生,并且以提供带土目前缺乏的战力来换取佐助交涉条件,对带土提议携手合作。
带土本来因他以佐助为目标而想拒绝他。但兜在黑绝的帮助下找到了宇智波斑的尸体并秽土转生,最后带土被迫同意。
交换条件是战争结果出炉前不能与佐助碰面,以及必须接受带土的监视。由于兜对转生者的束缚力不够,于是绑架前来侦查御手洗红豆,并吸收她身上咒印的大蛇丸查克拉以强化控制力。
其后,药师兜与宇智波佐助及用别天神摆脱秽土转生的宇智波鼬交战,兜在交战后被伊邪那美击败后,被宇智波鼬用幻术控制解除秽土转生,除了宇智波斑之外,所有被秽土转生的灵魂都已解除秽土转生。
但是宇智波斑知道如何脱离秽土转生的控制,在秽土转生即将解除之际,终止了与转生者之间的通灵契约,才得以继续留在战场,随后以解邪法印重生的大蛇丸解除了兜的仙人模式,取回自己的查克拉后与鹰小队同行。
兜最终重拾自我,终于脱离了鼬的伊邪那美,以仙人模式出现在战场,在二代火影的帮助下,用医疗忍术抢救濒死的佐助,让佐助能够再战宇智波斑。