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以穿越者为主要力量的现有军队必须解散从新组建成新军。目前在军事组内长期服役的人员，已经超过了全体穿越者人数的10％以上。这些掌握了现代技术和思想的人在担任着大量的巡逻、警戒和小规模作战，这是对人力资源的严重浪费。
预计中新组建的军队――马千瞩提议叫“新军”，而不是什么“土著军队”，以示和未来等级更低的军队作为区别――士兵、士官都是明朝人。随着军队规模的扩大，未来的军官团也将以明朝人为主
新军的兵员将主要来自农民和旧军队，尤其是卫所制度下的一般军户。他们在训练后将充当主要的士官。新军军官初期以穿越者为主，逐步补充军校学员，因此应尽快建立义军军校。军校初期学员以本地童生、有文化的士兵为主。早期军校可以考虑和行政官员学校、技师学校合编办学。如果没有这个条件，也可以考虑采用教导队的形式进行军官养成。
新军实行一长负责制，但在各个级别都组织士兵委员会，士兵委员会有权反对军官关于作战以外的命令，如主官坚持意见应服从，但士兵委员会有权力向上级主官乃至穿越者的军事部门提出上诉。士兵委员不得在军事部门复核以前被处决，即便在火线上。虐待士兵将受严惩。
新军实行职业兵制度。军官和士兵都享受职工待遇，拥有优惠分房和自留地，并免费使用新品种农作物（其他使用新品种农作物的农户第二年有额外税）。事实上，新军的人力来源就是新作物节约的人力。
“这个，我提下意见。”何鸣说，“明军的情况我不了解。但是军队长期不打仗，往往会有许多不良风气，79年我们打越南前部队也有很多问题。明朝军队这种典型的旧式军队里的士兵素质到底行不行，不会招来很多兵油子么？”
“你还是解放军出身呢，”张柏林插话，“你就忘记了战无不胜的政治工作？当年的解放战士不都是GMD那样的旧军队里来的，一样被改造了。”
“你会搞政工么？”何鸣对张柏林的话表示怀疑。
