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6军和海军执行军政军令分开体制，6、海军均不设司令官职务。6军人民委员和海军人具委员不再是原先的司令官的角色，而是军队的行政脑。负责管理6海军的军政；练作战由6军参谋长和海军军令部长负责。这个体制可以有效的加强对军队的管理和约束。
由于穿越集团建立起来的军队对物资的消耗极大，对后勤的需求达到了本时空前所未有的高度，根据军方的建议成立了后勤司令部，执行6海军联勤管理。同时，为了满足军队规模膨胀的需求，设训练总监部，负责6海军兵练和劳工军事练。
原来归属在6军建制下的特侦队现在被提升为独立机构，直辖于军务总管。实际上是受执委会的直接调遣。执委会指望特侦队除了完成它的本职工作，还要担任执委会的近卫军和军队宪兵的任务。
马甲对把政治保卫总局划分给他有点悄讶。在他看来仲裁庭是法律机构，不需要这样的暴力部门。不过联想到马千瞩是国务卿之后他就明白了执委会不打算让督公在掌握了警察之后再掌握“政治保卫”这个具有杀伤力的部门。
至于仲裁庭的机构组织，马甲按照大家提交的建议搞了一个方案：成立三个专业法庭：民事法庭、刑事法庭和治安法庭马甲认为现在警察直接掌握治安处罚权从长远来看是有弊端的。所以他仿效欧美某些国家的制度专设一个审理轻微案件的治安法庭。将原有的海事法院改组为海事一商事法庭，另增设公证处和专门用来收容闲散法学俱乐部人员的“法律顾问办公室
